Дэфіцыт магнію развіваецца пры рэзкім павышэнні патрэбы ў гэтым мінерале, калі яго ўтрыманне ў звычайным рацыёне харчавання больш яе не пакрывае. Гэта адбываецца, напрыклад, у перыяд цяжарнасці і кармленні грудзьмі, ва ўмовах стрэсу, у сталым узросце або пры значнай страты вадкасці - гэта значыць у сітуацыях, калі з потам, мачой, рвотай ці дыярэяй выводзіцца больш магнію, чым паступае.
Рызыцы развіцця дэфіцыту магнію падвяргаюцца пацыенты, якія на працягу доўгага перыяду часу прымаюць пэўныя лекавыя прэпараты. Напрыклад, дыурэтыкі (мачагонныя сродкі) спрыяюць вывядзенню магнію з арганізма. Акрамя таго, падвышаная інтэнсіўнасць вывядзення магнію назіраецца ў пацыентаў, якія атрымліваюць хіміятэрапію або якія прымаюць кортыкастэроіды. Вельмі высокая рызыка развіцця дэфіцыту магнію ў хворых цукровым дыябетам 1-га і 2-га тыпаў. Дэфіцыт магнію прысутнічае ў больш чым 60% з іх, паколькі з прычыны асаблівасцяў захворвання і прымаемых імі лекавых прэпаратаў ныркамі з арганізма выводзіцца большая колькасць мінералаў (у тым ліку і магнію), чым у здаровых асоб. У пацыентаў з захворваннямі печані і падстраўнікавай залозы назіраецца памяншэнне ўсмоктвання магнію. Дэфіцыт магнію можа таксама назірацца у жанчын, на працягу доўгага часу прымаюць аральныя кантрацэптывы.